Migracion de datos de sistema php en Mysql

Hola,
El trabajo consiste en migrar los datos de clientes, productos, familias o rubros, etc. Cargados en un sistema de gestion (Codeka ) a un sistema nuevo por el que va a cambiar mi cliente.

Básicamente sería levantar los datos de la/s tabla/s del sistema actual, darles el formato correcto del nuevo y volverlos a subir. 

Son unos 5000 articulos aprox. Y alrededor de 300 clientes, 200 familias..


El sistema de gestión nuevo tendría que quedar funcionando con los datos del viejo.

No se que otros detalles serian de utilidad.
Cualquier duda para presupuestar puedes enviarme un mensaje.


**** EDITADO 1:: Gracias a todos por las respuestas y mensajes, intento responder todos juntos:
Son 2 sistemas de gestión distintos, los 2 estarían instalados y funcionando para probarlos.
Las 2 bases de datos están en mysql y son distintas estructuras.  Adjunto imágenes con la estructura que me tira el phpmyadmin de cada una. 
Una de las diferencias es que los precios en el sistema nuevo están en una tabla distinta.