Alimentando faturamento

Boa tarde! Tenho uma clinica médica e estamos abarrotado de trabalho pela demanda. São cerca de 1300 consultas + 300 procedimentos no mês. O controle de faturamento é feito de maneira muito arcaica.
Trabalho com um programa interno de prontuário médico e em cada registro de paciente preciso alimentar o sistema com alguns dados para que eu consiga ter o controle do faturamento. O trabalho seria então entrar em cerca de 1600 fichas e preencher alguns dados de um formulário. Porém como eh um sistema interno da clinica teria de ser feito a partir de acesso remoto.
Gostaria de saber se fazer esse tipo de serviço ? Obrigado David