Eliminar malware de servidor en Hostmonster

Hace un mes recibimos la alerta del servicio de Hosting de que estábamos alcanzando el límite de almacenamiento en nuestro plan. Buscando solucionarlo adquirimos un Plan VPS y más capacidad. Sin embargo el problema persistió y todos los blogs (cerca de 10) comenzaron a caerse con el mensaje: Error al establecer conexión con la base de datos.
Google Webmaster Tools nos indicó que habíamos sido hackeados y la carpeta donde parecía alojarse un malware, seguramente proveniente de los ataques recientes a nivel mundial. Adquirimos SiteLock para dos de los blogs, los afectados pero el problema ha continuado. Al parecer se usaron las direcciones para publicar contenido y para enviar spam desde los correos (por lo que el servidor smpt está offline).
Ya hemos logrado que los sitios no se vuelvan a caer pero el escaneo del servicio de hosting dice que aún hay malware y que debemos conseguir un programador que lo elimine. Ellos no lo hacen (la verdad no tienen un buen servicio). Por lo tanto buscamos a alguien que nos ayude con este tema.
Realizaremos la cancelación del proyecto una semana después de realizado para poder evaluar su eficacia y para que Google y Hostmonster nos confirmen que el servidor está funcionando adecuadamente.