Interface web para consulta, filtragem de banco de dados e relatórios.

Temos um sistema de controle de acesso. Ele utiliza banco de dados Microsoft SQL (atualmente versão 2014 ou 2016).
Precisamos desenvolver uma ferramenta para fazer consultas para fins específicos neste sistema de controle de acesso, a ser modificada/incrementada de acordo com a necessidade dos projetos dos clientes.
O pedido inicial é para fazer uma interface para controle de presença automatizado para os alunos.
O sistema de controle de acesso trabalha com detecção de cartões que os alunos carregam consigo. A entrada deles é registrada quando cruzam uma determinada área da escola.
O primeiro escopo engloba:
-Filtragem de registros duplicados: Os alunos entram numa área de detecção mais de uma vez ao dia, então o sistema de controle de acesso os detecta mais de uma vez nos relatórios do próprio software de controle. Gostaríamos de ignorar registros duplicados numa determinada janela de tempo após o primeiro registro (ex. Não registrar duplicatas dentro de 10 minutos depois do primeiro registro)
-Listagem de alunos atrasados e faltosos após atingir o horário de entrada da escola: No cadastro dos alunos, consta a sua turma, delimitada por numero (301, 302, etc).
Gostaríamos de definir o horário de entrada e saída de cada turma e, num dia especificado, saber se algum aluno da turma está atrasado ou faltou.
Se possível, seria interessante ter uma tela para acompanhar estas ausências em tempo real.

OBS: Existem turmas que estudam no horário da manhã e no horário da tarde, as grades de horário variam durante a semana e existem as exceções, como feriados. Acreditamos que será necessário um calendário para definir a programação normal e uma lista de exceções.
-Emissão de relatórios:
1- Modelos de frequencia diária, listando os horários de entrada/saída dos alunos, categorizável por turma, por turno, nomes em ordem alfabética, etc.
2- Consolidação para porcentagem de faltas, indicando quantos dias de aula o aluno perdeu em relação ao total de dias de aula no ano.
Gostaríamos de imprimir estes relatórios e salvar em formatos pdf e csv ou xls.
-Interface web personalizada: A interface web precisa ser atualizável, para que consigamos colocar o logotipo da escola, alterar cores, etc. Podemos fazer as customizações por conta própria desde que as páginas respeitem CSS.

Considerações finais:
-Gostaríamos de trabalhar com PHP, pela facilidade de customização.
-Podemos prover uma máquina virtual, com o banco de dados configurado e servidor web com PHP5.6 ou fornecer os arquivos do banco de dados. Também vamos enviar algumas orientações sobre a localização das informações chave dentro do banco de dados.