Leitura de cartão resposta (gabarito) em Php

Estou construindo uma aplicação para concursos públicos e estou preso nesta parte do projeto.

A idéia é extrair dados de uma folha de respostas (gabarito)

Não preciso de front end, o foco é trabalhar as classes, Minhas principais preocupações são:

1 - ancoragens -  As folhas (gabarito) variam um pouco de posição por conta da impressão e da própria digitalização.  Alguns softwares de mercado criam  uma mascara para estas ancoragens, outros usam pontos de ancoragem.

2 - Consegui correr os pixels de cada campo eixo 'X' e eixo 'Y' e retornar se estava preenchido (Fui bem nesta parte, mas como não estava ancorando bem a aplicação perdia a posição das imagens).

Por fim, aplicação seria uma tarefa do sistema que vai buscar em um loop estas imagens, extrai os dados (verifica dupla marcação e rasuras e etc..)
E extrai as marcações e persiste (no banco de preferência).

O que fazer com o dado não é problema para o sistema atual. Com os dados o sistema atual se encarrega de fazer as validações, as regras de negócio e a persistência.

O escopo é bem específico. Basicamente extrair os dados de uma grande quantidade de imagens sem perder a precisão

Alguns softwares de mercado criam uma imagem-mascara
para estas ancoragens, outros utilizam ancoras (quadrados pretos) nos cantos da imagem.

Obs: O foco é extrair o dado da imagem com o máximo de precisão

sobre ancoragem:

o processo de impressão gera uma pequena diferença na posição da imagem no papel.

O mesmo pode ocorrer no processo de escanear.

Daí a importância da ancoragem!!!

Mesmo que a imagem fique ligeiramente diferente da imagem base, a âncora rotaciona novamente a imagem e encaixa.

O problema é justamente encaixar novamente em uma  base, rotacionar para encaixar !!!!!!!!!!