Software desktop para tratamento de banco de dados

Tenho a necessidade de desenvolver um software o mais básico possível, apenas um executável para realização do trabalho do meu banco de dados, são em torno de 60 arquivos no formato .csv, com cerca de 500.000 linhas cada arquivo, sendo que cada arquivo possui cerca de 39 colunas, nós temos a necessidade de realizar uma filtragem dos dados nessa planilha, exemplo nesse banco de dados eu vou encontrar os seguintes dados:

Nas planilhas virão todas essas informações abaixo:
Cnpj, Identificador M F, Razao Social, Nome Fantasia, Situacao Cadastral, Data Situacao Cadastral, Motivo Situacao Cadastral, Nome Cidade Exterior, Codigo Pais, Nome Pais, Codigo Natureza Juridica, Data Inicio Atividade, Cnae Fiscal, Cnae, Ramo De Atividade, Descricao Tipo Logradouro, Logradouro, Numero, Complemento, Bairro, Cep, Uf, Codigo Municipio, Municipio, Ddd Telefone 1, Ddd Telefone 2, Ddd Fax, Correio Eletronico, Qualificacao Responsavel, Capital Social Empresa, Porte Empresa, Opcao Simples, Data Opcao Simples, Data Exclusao Simples, Opcao Mei, Situacao Especial, Data Situacao Especial, Socios, Id.

Eu preciso puder de algo que consiga importar todas as 60 planilhas e que me permita filtar como por exemplo um CNAE em especifico dentro de todoas as planilhas e me retornar com esse resultado/quantitativo e salvar isso em uma nova planilha, deu para entender?

Estou enviando uma amostra do banco de dados em anexo.

Não preciso de instalado, trata-se de algo executável para uso interno!