Modernización de sistema informatico antiguo

Heredé un sistema informático que tiene 10 años aprox, el mismo esta desarrollado en PHP sin frameworks (codigo spaghetti)... El sistema tiene miles de archivos php y dentro de esos miles de archivos todos tienen varias acciones.

Todos los aplicativos de carga de datos se manejan con tablas de practicamente 2 columnas, la primera columna para el titulo con un estilo y la segunda columna el tipo de dato a cargar (input text, select, checkbox, etc).
Despues hay aplicativos de listados que tambien son tablas y la primer fila es encabezado y luego muestra la información.

El dato positivo es que todos los programas hacen un include de un archivo llamado "style.php" el cual es una hoja css que le aplica el estilo general a TODOS.

Lo que me gustaría es modernizar absolutamente TODO, el sistema parece muy viejo y quiero darle un refresh/restyling. En la imagen se puede ver el menu y un aplicativo cualquiera.

El sistema consta de un "inicio" que son 3 frames, el frame izquierdo se usa para el menu, el frame central que es donde todos los aplicativos se cargan y un frame final abajo de todo que muestra la hora y algunos botones de acceso directo para cada usuario que son los programas que más utilizan.