Procesamiento imagenes en matlab

Estimado,

Me encuentro desarrollando un programa en matlab para la universidad que utiliza técnicas de optical flow para detectar movimientos de unas piezas de una máquina. El entrada está dada por un video AVI que al ser procesado logro obtener los vectores de movimiento (puedo facilitar el algoritmo y videos).
Necesito ayuda para terminarlo, la idea es poder identificar las 6 regiones de interés que se encuentra en la imagen, el programa debe calcular la velocidad tangencial de cada uno. Luego las compara, si una de ellas es cero se debe activar una señar en un puerto COM para prender un led de la tarjeta arduino uno. Todo el sistema se debe iniciar al recibir un 1 en la entrada digital del COM que conectaré el arduino.