[Python] Conversor E Indexador De Arquivos Dicom Em Nifti + Json

Olá,
Eu trabalho com uma grande quantidade de imagens no formato Dicom (www.dicomstandard.org/) que podem ser simplificadamente descritas como um bitmap associadas a meta-dados (header) e preciso transforma-las em outro formato nifti (nifti.nimh.nih.gov/nifti-2) com um descritor em JSON. Esse é um trabalho fácil se utilizar a ferramenta DCM2NIIX (github.com/rordenlab/dcm2niix) . O problema  são as especificações BDIS (bids.neuroimaging.io/) -  que trata-se  de uma indexação de como organizar os nomes e os diretórios dos arquivos para cada participante utilizando as informações em formato de maquina (JSON).
Problema: Eu já usei todas ferramentas listadas abaixo:
- Dcm2Bids
- Bidskit
- DAC2BIDS
- Heudiconv
Conseguindo certo exito porém preciso automatizar o processo  e  passar pela validação :
- http://incf.github.io/bids-validator/
O objetivo principal do desenvolvedor seria:
"Cria um conjunto de código utilizando a biblioteca  Pybdis (https://github.com/incf/pybids) e trechos dos programas disponíveis acimas disponíveis no site bdis, para converter os meus presentes dados e futuros dados  do formato dicom para o formato nifti 2 segundo todas especificações da versão atual do bdis de maneira automática e independente de plataforma"
requisitos:
- utilizar sempre código "pytônico" seguindo as melhores orientações de programação
- descrever o que cada porção do código faz e quando necessário descrever a fonte e a licença (cc, mit etc...)
- O arquivo de configuração  denominado "Heurístico" deve ter uma configuração extremamente facilitada para não iniciados em programação.
- O conjunto de códigos deve ser auto-suficiente chamando preferencialmente as bibliotecas mais conhecidas e com melhor  documentação e expectativa de continuidade pela comunidade (os, pandas etc)  assim como o próprio arquivo dcm2niix juntamente com suas opções recomendadas (-x, -a, -y, etc ...)
- O conjunto de códigos deve rodar em plataformas mac, pc e também servidor linux rodado vagrant com servidor de imagens xnat (www.xnat.org).
Esse último requisito trata-se de um passo futuro e opcional, para guiar o desenvolvedor no desenvolvimento de uma ferramenta web, que será um projeto novo e pago a parte.
Bônus:
- Se puder haver uma associação de tratamento das imagens com:
- dicom anonimyzer
- pydeface
importante:
os links externos são apenas para referência, o estudo do pretendente desenvolvedor deve se focar no site do bdis e dcm2niix (instalação e opções de linha de comando)

esse repositório contem quase todo material necessário:

https://github.com/INCF/bids-starter-kit

Todas as informações incluindo os arquivos DICOM serão fornecidos pelo proponente após aceitação.

Agradeço a atenção e espero que você integre a nossa equipe.
(Esse trabalho não é comercial, porém é crítico para auxiliar crianças com epilepsia).